自然灾害造成车辆损失保险公司是否理赔，还要看车主是否有购买了车损险。
车损险属于商业车险，车主可以根据自己的实际保障需求和保费预算选择投保，其主要可以保障的范围包括：若发生了保险事故，比如碰撞、倾覆、坠落、火灾、爆炸、自燃、外界物体坠落/倒塌、暴风、雷击、雹灾、暴雨、地陷、冰陷、崖崩、雪崩、泥石流、滑坡、地震、洪水、海啸、龙卷风、载运保险车辆的渡船遭受自然灾害（只限于有驾驶人员随车照料者）而导致被保险机动车受到了损伤，则保险公司可以按照保险合同约定，在保额内按照实际损失进行理赔。
除此之外，在发生了保险事故后，被保险人为了防止或者减少被保险机动车的损失，而支出的合理且必要的施救费用，保险公司也可在车损险保额内承担理赔责任。
因此，若车主购买了车损险，且发生了车损险保险合同约定的自然灾害，保险公司是可以承担理赔责任的。但若车主未购买车损险，或者发生的自然灾害不属于保险合同约定范围内的，则保险公司不承担理赔责任。